Η ιστορία της εταιρείας αρχίζει στην ουσία το Μάιο του 2000, όταν ανακοινώθηκε η συνεργασία codeshare με την Aegean Airlines. Στις 02.03.2001 ανακοινώνεται η αρχική συμφωνία για συγχώνευση με την ΑΕΕ, η οποία επικυρώθηκε από την Επιτροπή Ανταγωνισμού (Αρ. Απ. 182/III/2001) στις 05.04.2001. Στις 28 Οκτωβρίου 2001 η Cronus, τελικά, ενσωματώθηκε πλήρως στην AEΕ, η οποία είχε πάρει τελικά όλα τα αεροσκάφη της Cronus (εκτός του N2332Q). H νέα εταιρεία πέταξε με μικτά χρώματα, με βασικό χρωματισμό της Aegean Airlines και μικτό όνομα αναγεγραμμένο στο σκάφος (δεξιά) το CRONUS AEGEAN AIRLINES, ενώ από την αριστερή πλευρά του αεροσκάφους ήταν AEGEAN CRONUS AIRLINES. Την άνοιξη του 2003 πλέον το όνομα της εταιρείας δεν υπήρχε πλέον στους ουρανούς.
Με τα χρώματα της εταιρείας πέταξαν τα ακόλουθα αεροσκάφη:
