H Aegean Aviation ιδρύθηκε από τους αδερφούς Σιμιγδαλά το 1987. Το 1990 παρελήφθη το πρώτο αεροσκάφος, ένα Piper PA.34-200 SENECA (SX-BSN) και με αυτό η εταιρεία ξεκίνησε υπηρεσίες aerotaxi. Σιγά σιγά, αλλά σταθερά ο στόλος αυξηθήκε και ενισχύθηκε με ένα Piper PA.34-200Τ SENECA ll (SX-BSA), ένα Cessna 421C Golden Eagle ll (SX-BSL) και ένα ακόμα Piper PA.34-200 SENECA (SX-AGK). Την πρώτη αλλαγή επιπέδου η εταιρεία την κατάφερε με την σε μεγάλο ποσοστό εξαγορά (συμμετοχή) από τον 'Ομιλο Βασιλάκη (το 1994) και την προσθήκη 2 bizjet, όταν τον Φεβρουάριο του 1995 παρέλαβε ένα Learjet 35A (SX-BNT) και τον Δεκέμβριο ένα Learjet 55 (SX-BNS). Με τα 2 αυτά αεροσκάφη η εταιρεία άρχισε δειλά δειλά να κάνει γνωστό το όνομα της και την ύπαρξη της στην Ευρώπη. To 1998 πρόσεθεσε ένα ακόμη αεροσκάφος, ένα Piper PA.31 350 Navajo Chieftain (SX-BNV).
Τον Μάρτιο του 1999 ιδρύθηκε η Aegean Airlines, με αποτέλεσμα η εταιρειες να συγχωνευτούν, και η νέα εταιρεια κράτησε το τμήμα των επιχειρηματικών μεταφορών μεχρι σήμερα, μόνο που το όνομα Aegean εχει αντικαταστήσει το Aegean Aviation από το 2002.
Ετσι απλά, αργά, με σταθερά επενδυτικά βήματα και προσεγμένες κινήσεις η Aegean Aviation του ενός Piper εξελίχθηκε στην μεγαλύτερη αεροπορική εταιρεία της Ελλάδος.
Βάση της εταιρείας ήταν το αεροδρόμιο του Ελληνικού.
Με τα χρώματα της εταιρείας πέταξαν τα ακόλουθα αεροσκάφη:
